Les modules Biopython et Bioperl regroupent un ensemble de bibliothèques pour les langages python et perl. Ces modules proposent des outils variés tels que l'interaction avec des bases de données biologiques publiques, la manipulation, l'annotation de séquences…
Le paquet apt://blast2 permet d'installer en local la célèbre suite d'outils développée par le NCBI.
Le logiciel primer3 (apt://primer3, http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) permet le design d'oligonucléotides en prenant en compte de multiples critères (%GC, autocomplémentarité, taille de fragment…).