The R Project for Statistical Computing
R est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, régressions, etc.) et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voire de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R.
L'installation de R est très simple : il suffit d'installer le paquet r-base. R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'installer le paquet r-base-dev.
Source : https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/
# update indices apt update -qq # install two helper packages we need apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc # Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
Komodo Edit est un éditeur polyvalent et open-source qui peut être mis en interface avec R grâce au module complémentaire SciViews-R.
RStudio est un nouvel environnement de développement intégré. RStudio propose de nombreuses fonctionnalités intéressantes, telles la coloration syntaxique, la gestion des fichiers Sweave et LaTeX, un tableur, un gestionnaire de librairies, etc. Pour l'installer, il suffit de télécharger le fichier .deb sur le site de RStudio et de l'ouvrir à l'aide de la logithèque Ubuntu (option par défaut).
RKward est une interface graphique de R pour KDE. Installez le paquet rkward pour en bénéficier.
Rcmdr est une interface graphique indépendante du système d'exploitation. Installez le paquet r-cran-rcmdr pour en bénéficier.
rgedit est un plugin pour utiliser R avec gedit. Pour l'installer, télécharger la dernière version sur le site, extraire les fichiers dans .gnome2/gedit/plugins puis activer le pluging dans gedit, Édition→ Préférences→Greffons
StatET est un plugin pour utiliser R avec Eclipse. Il permet une reconnaissance syntaxique, offre un explorateur d'objet… Pour l'utiliser il faut installer le package rJava au préalable.
On peut aussi utiliser emacs avec le mode ESS (emacs speaks statistics).
Les commandes R que l'on souhaite voir exécutées au lancement sont à écrire dans un fichier ~/.Rprofile.
R_LIBS_USER="~/lib/R/library"
Comme première approche, on peut simplement regarder les démonstrations des fonctionnalités du logiciel:
R R version 2.8.1 (2008-12-22) [skip] > demo() #montre toutes les démos disponibles > demo(graphics) #lance une démo particulière
R > library(Rcmdr)
Si vous installez R avec les dépôts officiels Ubuntu et avec les dépots de CRAN (plus récents), vous aurez probablement deux versions de R, celle des dépots Ubuntu étant généralement lancée par:
/usr/local/bin/R
et celle de CRAN par:
/usr/lib/R/bin/R
La commande suivante vous permet de connaître le chemin de la version lancée par défaut:
which R > /usr/local/bin/R
Puis lancer R en mode administrateur :
sudo R library(Rcmdr)
Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques.
D'une façon générale, un grand nombre de bibliothèques est disponible dans les dépôts. Pour les charger dans R, rien de plus simple. Par exemple, pour charger la librairie RQuantLib (après l'avoir installé via synaptic) :
> library(RQuantLib);
Enfin, pour exécuter un script R (appelons-le test.R),
> setwd("/le/chemin/de/mon/script");
> source("test.R");
Ou alors en dehors du programme R directement depuis la console:
~$ Rscript /chemin/test.R
Pour importer un fichier csv (numérique, avec éventuellement 1ère ligne et 1ère colonne pour les noms de colonnes et lignes) :
> read.csv("monfichier.csv", sep=",", dec=".", header=TRUE);
Enfin pour lister les objets R de l'espace de travail :
> ls();