Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
fah [Le 15/05/2007, 14:14] 83.200.122.235 |
fah [Le 31/08/2022, 23:33] (Version actuelle) moths-art Passage de http à https sur les liens externes (détecté et corrigé via le bot wiki-corrector (https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2067892) |
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- | {{tag>breezy dapper edgy divers recherche}} | + | {{tag>calcul_collaboratif}} |
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===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== | ||
- | Folding@Home est un projet de distribution de données à plusieurs ordinateurs qui étudie le repliement des protéines, les repliements anormaux, l’agrégation des protéines, et les maladies liées. L'idée est d'utiliser des méthodes informatiques nouvelles et une répartition des données aux ordinateurs dit "distribués" à grande échelle pour simuler des échelles de temps des milliers voire des millions de fois plus longues que celles qu’on réalisait auparavant. Cela nous a permis de simuler un repliement pour la première fois, et de mener désormais notre recherche vers l’étude des maladies associées. | + | [[http://folding.stanford.edu/French/Main|Folding@Home]] est un projet de distribution de données à plusieurs ordinateurs qui étudie le repliement des protéines, les repliements anormaux, l’agrégation des protéines, et les maladies liées. L'idée est d'utiliser des méthodes informatiques nouvelles et une répartition des données aux ordinateurs dit "distribués" à grande échelle pour simuler des échelles de temps des milliers voire des millions de fois plus longues que celles qu’on réalisait auparavant. Cela nous a permis de simuler un repliement pour la première fois, et de mener désormais notre recherche vers l’étude des maladies associées. |
- | ===== Installation et parametrage ===== | ||
+ | ===== Installation et paramétrage ===== | ||
- | ==== Installation ==== | + | Il existe plusieurs méthodes pour installer F@H sur Ubuntu : |
- | * Par exemple dans /home/[utilisateur]/fah | + | ==== Installation via Origami (paquet inclus dans les dépôts)==== |
- | + | ||
- | mkdir ~/fah | + | |
- | * Télécharger le client F@H dans le dossier nouvellement créé | + | (pour pc local et réseaux) |
+ | * [[:origami|Installation et lancement automatique avec l'installateur Origami]] inclus dans les dépots d'Ubuntu. | ||
- | cd ~/fah | + | ==== Installation via finstall ==== |
- | wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe | + | |
+ | (pour pc local seulement) | ||
+ | * [[:fah_finstall|Installation et lancement automatique avec l'installateur finstall]]. | ||
- | * Changer les droits du fichier | + | ==== Installation manuelle ==== |
- | chmod +x FAH504-Linux.exe | + | (pour pc local seulement) |
- | * Exécuter le programme afin de paramétrer F@H ([[http://folding.extremeoverclocking.com/team_list.php|Liste des équipes]], Alliance Francophone: 51 ou Linux: 163 ou ...) | + | pour 32bits et 64 bits: |
+ | * [[:fah_installation_manuelle|Installation manuelle et lancement automatique]] | ||
- | ./FAH504-Linux.exe -configonly | ||
- | * Entrer les infos requises | + | ===== Suivi du travail en cours ===== |
+ | Il existe plusieurs applications graphiques de suivi: | ||
+ | * [[http://prothink.sourceforge.net/|Protein Think]] | ||
+ | * [[http://fahmon.net/|FahMon]] (pour l'installation voici [[http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=703180|un sujet du forum anglais]] qui s'inspire de [[http://trac.fahmon.net/wiki/CompilingForLinux|cette page officielle]]) | ||
+ | ===== Limitation de l'utilisation CPU==== | ||
+ | * [[:cpulimit]] : permet de limiter l'utilisation du ou des processeur(s) par un processus déjà lancé ou qui le sera. | ||
+ | * (en) [[https://ubuntuforums.org/showthread.php?t=992706|Discussion à propos de l'utilisation de l'utilitaire cpulimit avec F@H]] | ||
- | ==== Création du fichier de demarrage automatique ==== | + | ===== TeamUbuntu (45104) ===== |
- | * Créer un fichier nommé fah dans le dossier /etc/init.d | + | Si vous aimez Ubuntu, vous pouvez choisir de rejoindre la [[https://wiki.ubuntu.com/FoldingAtHomeTeamUbuntu|TeamUbuntu]] en choisissant l'équipe n°45104 lors de votre installation. |
- | sudo gedit /etc/init.d/fah | + | ===== Liens utiles ===== |
- | * Maintenant, copier les infos suivantes à l'intérieur | + | * [[https://help.ubuntu.com/community/FoldingAtHome|F@H sur Documentation Ubuntu (en anglais)]] |
- | + | * [[https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=6803|Topic de discussion F@H sur le forum Ubuntu-fr]] | |
- | #!/bin/sh | + | * [[http://forum.folding-community.org/viewtopic.php?t=11700|Folding forum (anglais)]] |
- | # /etc/init.d/fah for Ubuntu | + | * [[http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=45104|Statistiques de la TeamUbuntu]] |
- | # Start/stop/restart the F@H service. | + | |
- | + | ||
- | export FAH_HOME=~/fah | + | |
- | + | ||
- | fah_start() { | + | |
- | if [ -x "$FAH_HOME/startfah.sh" ]; then | + | |
- | echo "Starting F@H: $FAH_HOME/startfah.sh" | + | |
- | "$FAH_HOME/startfah.sh" | + | |
- | fi | + | |
- | } | + | |
- | + | ||
- | fah_stop() { | + | |
- | sudo killall FAH504-Linux.exe | + | |
- | } | + | |
- | + | ||
- | fah_restart() { | + | |
- | fah_stop | + | |
- | sleep 2 | + | |
- | fah_start | + | |
- | } | + | |
- | + | ||
- | case "$1" in | + | |
- | 'start') | + | |
- | fah_start | + | |
- | ;; | + | |
- | 'stop') | + | |
- | fah_stop | + | |
- | ;; | + | |
- | 'restart') | + | |
- | fah_restart | + | |
- | ;; | + | |
- | *) | + | |
- | fah_start | + | |
- | esac | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | Sauvegarder et fermer gedit. | + | |
- | + | ||
- | * Changer les droits du fichier | + | |
- | + | ||
- | sudo chmod +x /etc/init.d/fah | + | |
- | + | ||
- | ==== Démarrage automatique au lancement d'Ubuntu ==== | + | |
- | + | ||
- | * Maintenant, nous allons créer le script startfah.sh | + | |
- | + | ||
- | gedit ~/fah/startfah.sh | + | |
- | + | ||
- | * Copier les informations suivantes à l'intérieur | + | |
- | + | ||
- | #!/bin/sh | + | |
- | + | ||
- | export FAH_HOME=~/fah | + | |
- | + | ||
- | cd $FAH_HOME | + | |
- | $FAH_HOME/FAH504-Linux.exe >/dev/null 2>&1 & | + | |
- | exit 0 | + | |
- | + | ||
- | Vous pouvez ajouter les paramètres -forceasm et -advmethods ou d'autres ... | + | |
- | + | ||
- | Plus d'infos sur (en anglais) : [[http://www.liquidninjas.com/bbs/showthread.php?t=3270]] | + | |
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- | * Changer les droits du fichier | + | |
- | + | ||
- | chmod +x ~/fah/startfah.sh | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | * Etape finale, créer un lien dans ///etc/rc2.d// | + | |
- | + | ||
- | sudo ln -s /etc/init.d/fah /etc/rc2.d/S99fah | + | |
- | + | ||
- | Pour tester le script, rebooter ou entrer la commande : | + | |
- | + | ||
- | sudo /etc/init.d/fah start | + | |
- | + | ||
- | Lancer le moniteur système, l'utilisation CPU doit être a 100% !!! | + | |
- | + | ||
- | ==== Remarques ==== | + | |
- | + | ||
- | * 1- Si le programme ne se lance pas à la session suivante, revérifier chacune des étapes. Si tout est correct, essayer la manipulation suivante: | + | |
- | + | ||
- | sudo apt-get install bum | + | |
- | + | ||
- | Ensuite, aller dans Système->Administration->BootUp Manager | + | |
- | Vérifier que le script fah soit bien présent dans la liste et coché. On peut également démarrer/arrêter le service depuis ce programme si besoin. | + | |
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- | Une fois coché, valider les changements et relancer la session. Le programme Folding@Home devrait se lancer. | + | |
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- | * 2- Si le programme ne se lance toujours pas, modifier le script "startfah.sh". | + | |
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- | Supprimer "export FAH_HOME=~/fah" | + | |
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- | Remplacer tout les "$FAH_HOME" par l'emplacement exacte du dossier F@H, c'est à dire : "/home/[utilisateur]/fah" (évidement, [utilisateur] est a remplacer par la bonne valeur) | + | |
- | + | ||
- | Relancer le script | + | |
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- | //Contributeur : Traduit/Rédigé par [[utilisateurs:dukiclock]] | + | //Contributeurs : Traduit/Rédigé par [[utilisateurs:dukiclock]] et [[utilisateurs:YannUbuntu]] |
Remarques et commentaires sur le [[http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?pid=44821#p44821|forum Ubuntu-fr]].// | Remarques et commentaires sur le [[http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?pid=44821#p44821|forum Ubuntu-fr]].// |