Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
|
imagej [Le 30/03/2025, 09:38] Peregrinis continuation |
imagej [Le 30/03/2025, 10:25] (Version actuelle) Peregrinis continuation |
||
|---|---|---|---|
| Ligne 22: | Ligne 22: | ||
| * [[https://imagej.net/software/imagej2/|ImageJ2]], une version spécialisée dans l'imagerie scientifique qui comprend des fonctionnalités supplémentaires. | * [[https://imagej.net/software/imagej2/|ImageJ2]], une version spécialisée dans l'imagerie scientifique qui comprend des fonctionnalités supplémentaires. | ||
| * [[https://imagej.net/software/fiji/|Fiji]], un fork communautaire de ImageJ et ImageJ2 qui regroupe de nombreux plugins, comporte une fonction de mise à jour automatique et offre une documentation complète. Fiji se compare à ImageJ comme Ubuntu se compare à Linux. | * [[https://imagej.net/software/fiji/|Fiji]], un fork communautaire de ImageJ et ImageJ2 qui regroupe de nombreux plugins, comporte une fonction de mise à jour automatique et offre une documentation complète. Fiji se compare à ImageJ comme Ubuntu se compare à Linux. | ||
| + | * [[https://imagej.net/software/bio7|Bio7]], un fork dédié aux sciences de la terre et de l’environnement. | ||
| ===== Utilisation===== | ===== Utilisation===== | ||
| Ligne 27: | Ligne 28: | ||
| Lancer l'application comme indiqué [[tutoriel:comment_lancer_application|ici]]. | Lancer l'application comme indiqué [[tutoriel:comment_lancer_application|ici]]. | ||
| - | De très nombreux tutoriels sont disponibles [[https://imagej.net/tutorials/|sur le site officiel]] dont [[https://imagej.net/ij/docs/guide/user-guide.pdf|le guide utilisateur officiel]] (en anglais). De nombreuses universités et scientifiques ont également publié des tutoriels et des cours. Citons comme première approche le [[https://www.youtube.com/watch?v=bBGi12bO_t0|tutoriel vidéo d'Audrey Dussutour]] où elle explique comment participer à l'étude du Blob grâce à ImageJ. Pour une approche plus complète en français, voir le [[https://www.infinity.inserm.fr/wp-content/uploads/2021/06/Formation-ImageJ.pdf|manuel d'analyse d'images publié par l'Inserm]]. | + | De très nombreux tutoriels sont disponibles en anglais [[https://imagej.net/tutorials/|sur le site officiel]] dont [[https://imagej.net/ij/docs/guide/user-guide.pdf|le guide utilisateur officiel complet]]. Pour une première approche, consulter [[https://imagej.net/ij/docs/pdfs/ImageJ.pdf|cette description]] et [[https://imagej.net/ij/docs/pdfs/examples.pdf|ces exemples]]. |
| - | Une liste de plugins qui permettent d’ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ est disponible sur [https://imagej.net/ij/plugins/index.html le site officiel]. Parmi eux, citons [[https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/about/index.html|Bio-formats]] qui permet de lire la plupart des formats d'image propriétaires obtenus avec les microscopes et [[https://imagej.net/ij/plugins/3d-viewer/index.html|Image 3D viewer]] qui permet la visualisation 3D (nécessite Java 3D). Ces deux plugins sont préinstallés dans Fiji. | + | De nombreuses universités et scientifiques ont également publié des tutoriels et des cours. Citons comme première approche le [[https://www.youtube.com/watch?v=bBGi12bO_t0|tutoriel vidéo d'Audrey Dussutour]] où elle explique comment participer à l'étude du Blob grâce à ImageJ. Pour une approche complète en français, voir le [[https://www.infinity.inserm.fr/wp-content/uploads/2021/06/Formation-ImageJ.pdf|manuel d'analyse d'images publié par l'Inserm]]. |
| + | |||
| + | Une liste de plugins qui permettent d’ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ est disponible sur [[https://imagej.net/ij/plugins/index.html|le site officiel]]. Parmi eux, citons [[https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/about/index.html|Bio-formats]] qui permet de lire la plupart des formats d'image propriétaires obtenus avec les microscopes et [[https://imagej.net/ij/plugins/3d-viewer/index.html|Image 3D viewer]] qui permet la visualisation 3D (nécessite Java 3D). Ces deux plugins sont préinstallés dans Fiji. | ||
| Il est également possible de rajouter des fonctions par la création de macros, c'est-à-dire des commandes créées par l’utilisateur qui permettent de combiner des fonctions préexistantes d’ImageJ pour automatiser un ensemble de tâches et créer des outils de traitement de données personnalisés (la connaissance du langage Java n’est pas nécessaire). Le plugin Record (Menu Plugins/Macros/Record) enregistre les actions effectuées et les transpose en langage de macros. Le plugin [[https://imagejdocu.list.lu/plugin/utilities/imageflow/start|Imageflow]] est une interface graphique pour la création de macro. | Il est également possible de rajouter des fonctions par la création de macros, c'est-à-dire des commandes créées par l’utilisateur qui permettent de combiner des fonctions préexistantes d’ImageJ pour automatiser un ensemble de tâches et créer des outils de traitement de données personnalisés (la connaissance du langage Java n’est pas nécessaire). Le plugin Record (Menu Plugins/Macros/Record) enregistre les actions effectuées et les transpose en langage de macros. Le plugin [[https://imagejdocu.list.lu/plugin/utilities/imageflow/start|Imageflow]] est une interface graphique pour la création de macro. | ||
| Ligne 41: | Ligne 44: | ||
| * **(en)** [[https://imagej.net/software/imagej/|Site officiel]] | * **(en)** [[https://imagej.net/software/imagej/|Site officiel]] | ||
| * **(en)** [[https://imagejdocu.list.lu/start|Wiki]] | * **(en)** [[https://imagejdocu.list.lu/start|Wiki]] | ||
| + | * **(fr)** [[https://fr.wikipedia.org/wiki/ImageJ|Wikipédia]] | ||
| ---- | ---- | ||