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====== ImageJ ======

{{ :applications:imagej_1.52r_xubuntu_20.04.png?400|Capture d'écran du logiciel ImageJ sous Xubuntu 20.04.}}

**ImageJ** est un logiciel du domaine public pour le traitement et l'analyse d'images scientifiques, notamment les images issues de microscope en biologie et de télescope en astronomie.

Il a été créé par Wayne Rasband (Research Services Branch du National Institute of Mental Health du Maryland aux États-Unis) en 1997, est écrit en Java et est en développement continu depuis. Il s'agit du logiciel d'analyse d'images le plus utilisé par les scientifiques du monde entier. Sa communauté d'utilisateurs et d'utilisatrices est vaste ; il existe de plusieurs milliers de plugins et quelques forks. Ce logiciel est exclusivement en langue anglaise.

Ce programme peut afficher, éditer, analyser, traiter, enregistrer et imprimer des images 8, 16 et 32 bits. Il peut lire de nombreux formats d'image, dont TIFF, GIF, JPEG, PNG, BMP, DICOM, FITS et RAW. Il prend en charge les « stacks », une série d'images partageant une même fenêtre.

ImageJ peut calculer des statistiques de zones et pixels à partir de sélections de l'utilisateur. Il peut mesurer les distances et les angles. Il peut créer des histogrammes de densité et des affichages de profils linéaires. Il prend en charge les fonctions standard de traitement d'images telles que la manipulation du contraste, l'accentuation, l'adoucissement, la détection d'arêtes et le filtrage médian. La calibration spatiale est disponible pour fournir des mesures de dimensions réelles dans des unités comme le millimètre et le micromètre. La calibration de la densité ou des niveaux de gris est également disponible.

===== Installation =====

Pour installer ce logiciel, il suffit d'[[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|installer le paquet ]] **[[apt>imagej|imagej]]** qui est présent dans le [[:depots#depot_universe|dépôt universe]].

D'autres versions existent, notamment :
  * [[https://imagej.net/software/imagej2/|ImageJ2]], une version spécialisée dans l'imagerie scientifique qui comprend des fonctionnalités supplémentaires.
  * [[https://imagej.net/software/fiji/|Fiji]], un fork communautaire de ImageJ et ImageJ2 qui regroupe de nombreux plugins, comporte une fonction de mise à jour automatique et offre une documentation complète. Fiji se compare à ImageJ comme Ubuntu se compare à Linux.

===== Utilisation=====

Lancer l'application comme indiqué [[tutoriel:comment_lancer_application|ici]].

De très nombreux tutoriels sont disponibles [[https://imagej.net/tutorials/|sur le site officiel]] dont [[https://imagej.net/ij/docs/guide/user-guide.pdf|le guide utilisateur officiel]] (en anglais). De nombreuses universités et scientifiques ont également publié des tutoriels et des cours. Citons comme première approche le [[https://www.youtube.com/watch?v=bBGi12bO_t0|tutoriel vidéo d'Audrey Dussutour]] où elle explique comment participer à l'étude du Blob grâce à ImageJ. Pour une approche plus complète en français, voir le [[https://www.infinity.inserm.fr/wp-content/uploads/2021/06/Formation-ImageJ.pdf|manuel d'analyse d'images publié par l'Inserm]].

Une liste de plugins qui permettent d’ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ est disponible sur [[https://imagej.net/ij/plugins/index.html|le site officiel]]. Parmi eux, citons [[https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/about/index.html|Bio-formats]] qui permet de lire la plupart des formats d'image propriétaires obtenus avec les microscopes et [[https://imagej.net/ij/plugins/3d-viewer/index.html|Image 3D viewer]] qui permet la visualisation 3D (nécessite Java 3D). Ces deux plugins sont préinstallés dans Fiji.

Il est également possible de rajouter des fonctions par la création de macros, c'est-à-dire des commandes créées par l’utilisateur qui permettent de combiner des fonctions préexistantes d’ImageJ pour automatiser un ensemble de tâches et créer des outils de traitement de données personnalisés (la connaissance du langage Java n’est pas nécessaire). Le plugin Record (Menu Plugins/Macros/Record) enregistre les actions effectuées et les transpose en langage de macros. Le plugin [[https://imagejdocu.list.lu/plugin/utilities/imageflow/start|Imageflow]] est une interface graphique pour la création de macro.

===== Désinstallation =====

Pour supprimer cette application, il suffit de [[:tutoriel:comment_supprimer_un_paquet|supprimer son paquet]]. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés.

===== Voir aussi =====
 
  * **(en)** [[https://imagej.net/software/imagej/|Site officiel]]
  * **(en)** [[https://imagejdocu.list.lu/start|Wiki]]
  * **(fr)** [[https://fr.wikipedia.org/wiki/ImageJ|Wikipédia]]

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//Contributeurs principaux : [[utilisateurs:Peregrinis|Peregrinis]].//

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Résumé

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