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ImageJ est un logiciel du domaine public pour le traitement et l'analyse d'images scientifiques, notamment les images issues de microscope.
Il a été créé par Wayne Rasband (Research Services Branch du National Institute of Mental Health dans le Maryland, USA) en 1997 et est en développement continu depuis. Il s'agit du logiciel d'analyse d'images le plus utilisé par les scientifiques du monde entier. Sa communauté d'utilisateurs et d'utilisatrices est vaste ; il existe de plusieurs milliers de plugins et quelques forks. Ce logiciel est exclusivement en langue anglaise.
Ce programme peut afficher, éditer, analyser, traiter, enregistrer et imprimer des images 8, 16 et 32 bits. Il peut lire de nombreux formats d'image, dont TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS et RAW. Il prend en charge les « stacks », une série d'images partageant une même fenêtre.
ImageJ peut calculer des statistiques de zones et pixels à partir de sélections de l'utilisateur. Il peut mesurer les distances et les angles. Il peut créer des histogrammes de densité et des affichages de profils linéaires. Il prend en charge les fonctions standard de traitement d'images telles que la manipulation du contraste, l'accentuation, l'adoucissement, la détection d'arêtes et le filtrage médian. La calibration spatiale est disponible pour fournir des mesures de dimensions réelles dans des unités comme le millimètre et le micromètre. La calibration de la densité ou des niveaux de gris est également disponible.
Installation
Pour installer ce logiciel, il suffit d'installer le paquet imagej qui est présent dans le dépôt universe.
D'autres versions existent, notamment :
Utilisation
Lancer l'application comme indiqué ici. De très nombreux tutoriels sont disponibles sur le site officiel et ailleurs. Citons par exemple le tutoriel d'Audrey Dussutour où elle explique comment participer à l'étude de la croissance du Blob.
Désinstallation
Pour supprimer cette application, il suffit de supprimer son paquet. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés.