✎ medintux [Wiki ubuntu-fr]

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====== Medintux : logiciel médical ======

**MedinTux** est une suite logicielle libre, pensée et réalisée par des médecins pour des médecins. Disponible gratuitement sous plusieurs systèmes d'exploitation (Windows, Linux, BSD, MacOS), la suite MedinTux est conçue pour être utilisée tant en libéral qu'en hospitalier.

<note important>La documentation ci-dessous n'est pas forcément la plus à jour. Privilégiez la lecture des pages du wiki du projet sur http://wiki.medintux.org. Demandez de l'aide sur http://medintux.org/forum</note>
===== Présentation =====

La suite comprend plusieurs logiciels pouvant communiquer entre eux :
    *  un gestionnaire de dossier médical : DrTux,
    *  un module de gestion de documents multimédias (scans, images, photographies...) intégré à DrTux,
    *  gestion du scannage de document (possibilité de reconnaissance de caractères automatisée sur les systèmes Linux et MacOS)
    *  un langage de script récursif documenté permettant l'extraction de données depuis la base, les calculs automatiques, l'intégration de documents...
    *  un organiseur d'activité (avec agenda) : Manager,
    *  un module de prescription relié au VIDAL (le dictionnaire thérapeutique VIDAL est disponible dans son intégralité sous Linux, sous réserve d'un abonnement),
    *  un gestionnaire des paramètres utilisateurs (en-têtes d'ordonnances, format d'impression...) : GestUser,
    *  un module statistique : MedStat,
    *  un module de gestion des utilisateurs faisant aussi office d'annuaire des correspondants, avec en-têtes personnalisés, attribution fine des droits et droits délégués : Personnes
    *  un module de réception/intégration des biologies au format HPRIM : QLaboFTP,
    *  un module de comptabilité libérale totalement libre,
    *  un module de codage CCAM : Ccam_View,
    *  un module de codage CIM10 intégré au gestionnaire de dossier médical (DrTux),
    *  un module de codage GEMSA et CCMU,
    *  un gestionnaire de correspondants avec liaison au dossier patient : Personnes,
    *  un module de télétransmission en cours d'écriture (QFSEVital) non encore disponible,
    *  un éditeur de texte autonome utilisé pour créer vos masques d'observation et autres : QLightPad,
    *  un installateur et une aide à la mise à jour de la suite : Set_Bases et Mise_A_Jour,
    *  un module d'accès à distance depuis un navigateur internet : MedinPHP,
    *  très grandes possibilités de personnalisation, pouvant s'adapter à toutes les spécialités,
    *  saisie assistée par menus multi-niveaux (hiérarchiques),
    *  courriers et compte-rendus automatisés, pratiquement sans saisie,
    *  de très nombreux plugins sont déjà disponible, parmis les plus couramment utilisés,
    *  un plugin d'agrégation des honoraires pour le logiciel de comptabilité,
    *  un plugin calculant à partir de la date des dernières règles le calendrier obstétrical (échos, vacances...),
    *  un plugin de graphique biométrique (pour les moins de 3 ans, les 3 ans à 22 ans) comprenant : la courbe de poids, de taille, le BMI et la courbe de croissance,
    *  un plugin permettant l'autocomplétion des formulaires de la sécurité sociale française : déclaration du médecin traitant et protocoles de soins,
    *  un module optionnel en php-cli d'intégration des données apicrypt.

Ses possibilités sont nombreuses et son ergonomie est pensée pour faire gagner un maximum de temps. Une obsession des développeurs : limiter le nombre de clics souris et les manipulations claviers. Il est ainsi possible en quelques clics de créer un document complexe d'observation enrichi de calculs automatiques sans utiliser le clavier ! Des menus déroulants hiérarchiques vous aident à rédiger vos observations, prescriptions, certificats...

Bien évidemment, MedinTux peut fonctionner au sein d'un réseau et sa base de données peut être partagée par plusieurs utilisateurs (plusieurs médecins, avec secrétariat, cliniques, hôpitaux par exemple). Cette fonctionnalité est dite multi-postes / multi-utilisateurs.

===== Vidéo de présentation =====

En Mpeg :[[http://delafond.org/medintux_video.mpeg]]
ou en avi : [[http://www.tossavi.net/annexes/medintux_video.avi]]

==== Aperçu d'un dossier ====

===== Pré-requis =====
====Impérativement====

* Avoir une distribution Ubuntu 12.04 LTS fonctionnelle 32 ou 64 bits (les versions plus récentes d'Ubuntu comme 12.10 et 13.04 rendront l'installation complexe et hors de portée des non experts en raison de l'absence des librairies Qt3 dans les dépôts
  * Mysql serveur [[http://doc.ubuntu-fr.org/mysql]]
  * Installer deux paquets Qt3: [[apt://libqt3-mt|libqt3-mt]], [[apt://libqt3-mt-mysql|libqt3-mt-mysql]] et pour le module "Alarmes" de pense-bête il faudra aussi installer [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|installer le paquet]] [[apt>libqt4-dev|libqt4-dev]] )
  * Installer [[apt://p7zip|p7zip]] car les binaires sont archivés sous ce format sur la forge Adullact
====Éventuellement====
*Pour MedinPHP (gestionnaire de medintux de visite) est disponible depuis le dépôt, [[https://adullact.net/frs/download.php/4018/MedinPHP-1.8.4.tar]] : PhP [[apt>php5|php5]] [[ap>php5-common|php5-common]] [[apt>php5-cli|php5-cli]] (optionnels).
*Pour la gestion des bases par l'administrateur, nous recommandons [[apt://phpmyadmin|phpmyadmin]]
*Une manière simple d'installer PHP, Apache et MySQL et d'utiliser tasksel:[[lamp|voir le tutoriel lamp]].
===== Installation =====

<note warning>Pour l'instant (Medintux version 2.14 et antérieures), seule l'installation sous Ubuntu 12.04 LTS 32 ou 64 bits fonctionne. L'absence des librairies Qt3 dans les dépôts d'Ubuntu 12.10 et 13.04 rend l'installation de Medintux complexe voire impossible pour les non experts (erreur qt3 lors de l'installation des bases de données avec l'application set_bases : error while loading shared libraries: libqt-mt.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory) :-(</note>

====Version 2.14====

La [[https://www.youtube.com/watch?v=7xgTr3ycMRE|vidéo mise en ligne sur YouTube par Victor Bonhomme]] est le guide le plus simple pour installer Medintux 2.14-015 (dernière version compilée pour GNU/Linux). L'installation active dure 5 minutes, la création des bases de données prend plus de temps (jusqu'à une heure) mais ne nécessite aucune action particulière de l'utilisateur. Seuls bémols, le lien vers l'archive 7zip sur la page Download du site medintux.org ne fonctionne pas. Le lien vers la version 2.14-015 32 bits est: http://adullact.net/frs/download.php/file/5972/MedinTux-V2.14-linux-32bits.7z et celui vers la version 64 bits est http://adullact.net/frs/download.php/file/5971/MedinTux-V2.14-linux-64bits.7z et après extraction de l'archive, il sera peut-être nécessaire, selon votre configuration, de modifier les droits du dossier obtenu pour pouvoir le parcourir (sudo chmod 755 MedinTux-V2.14-linux-64bits ou sudo chmod 755 MedinTux-V2.14-linux-32bits) et donc lancer set_bases

====Versions antérieures 2.12 et 2.13====
Pour installer les medintux il faut télécharger 2 paquets

En terminal :
**Pour la version stable 2.12** :
<code>wget --no-check-certificate https://adullact.net/frs/download.php/4193/MedinTux-2.12.2.Linux-i386.7z</code>

et

<code>wget --no-check-certificate http://adullact.net/frs/download.php/4198/MedinTux-2.12.2-noarch.7z</code>

Pour la version 2.13 de transition vers la V3 tout en QT4 :
<code>wget --no-check-certificate http://adullact.net/frs/download.php/4517/MedinTux-2.13-Linux-i386.7z</code>

et 
<code>wget --no-check-certificate http://adullact.net/frs/download.php/4534/MedinTux-2.13-fichiers_communs.7z</code>

Pensez à installer mysql et QT3.

Dézipper dans son dossier personnel avec 7z,

Au même emplacement, c'est-à-dire dans le même répertoire, dézippez les deux archives (nécessite [[apt://p7zip-full|p7zip-full]] ) :

<code>7za x MedinTux-2.12.2-noarch.7z</code>

<code>7za x MedinTux-2.12.2.Linux-i386.7z</code>

ou pour la 2.13
<code>7za x MedinTux-2.13-Linux-i386.7z</code>

<code>7za x MedinTux-2.13-fichiers_communs.7z</code>

Ça se mélange en un répertoire unique MedinTux-2.12 ou 2.13 selon la version.

Ensuite aller dans le répertoire MedinTux-2.12/Programmes/set_bases/bin (ou 2.13) :
<code>cd ./MedinTux-2.12/Programmes/set_bases/bin</code>
lancer set_bases:
<code>./set_bases</code>
lancer la connexion à la base de données (qui est refusée évidemment, puisqu'elle n'existe pas) puis installer les bases en cliquant sur les boutons qui viennent d'apparaître, puis relancer la connexion.
On lance ensuite le logiciel par l'exécutable de manager.

Pour Ubuntu-8.10 Hardy il faut ensuite télécharger le binaire de DrTux adapté et le coller à la place de DrTux dans le dossier bin de drtux :
<code>cd ../../drtux/bin/</code>
<code>rm -f drtux</code>
<code>wget http://adullact.net/frs/download.php/4270/drtux</code>

<note tip>
Une méthode **en graphique** pour ceux qui ont du mal :
</note>

1/ sélectionner les fichiers

2/ "clic droit" puis "clic" sur "ouvrir avec gestionnaire d'archives" :

deux fenêtres s'ouvrent : un pour chaque paquet 7z

3/ glisser-déposer le fichier d'une fenêtre dans le fichier de l'autre
fenêtre :

les fichiers "se compilent" en moins de 10 secondes

4/ cliquer sur "extraire" dans la fenêtre des fichiers compilés :

un fichier unique Medintux 2.12 ou 2.13 (selon la version) est créé
 contenant tout e qu'il faut pour une installation sans souci ...

ouvrir le dossier créé et aller vers /programmmes/set_bases/bin/ double clic
sur "set_bases"

apparition de la fenêtre de bienvenue du manager,

clic sur "se connecter à la base de données",

erreur ... c'est normal,

clic sur "installer les bases de MedinTux" et c'est parti pour l'installation ...

===== Sauvegarde des données =====
<note important>**
En médecine il est particulièrement important de sauvegarder ses données.**

__**Et surtout les sauvegarder avant toute mise à jour ++++**__</note>

Trois solutions :

* se servir de mysqldump et de cron [[http://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/sauvegarder_automatiquement_ses_bases_de_donnees|sauvegarde automatique]]

* ou de **mysqladministrator** [[http://doc.ubuntu-fr.org/mysql_outils|les outils mysql]]. Dans les deux cas il faut paramétrer la périodicité de la sauvegarde et le support de sauvegarde.

* MedinPHP permet aussi la création de dumps SQL directement sur l'ordinateur client à partir de l'interface web. De cette manière, on est garanti aussi bien contre les défaillances matérielles ou logicielles que contre les incidents majeur au lieu où se trouve l'ordinateur (incendie, etc.).

* Un logiciel de sauvegarde GUI avec restauration est disponible ici : [[https://adullact.net/frs/download.php/4819/sauvegarde.7z|Sauvegarde GUI]]

===== Quelques notes d'utilisation =====

Avant tout, il convient de paramétrer correctement MedinTux. Normalement, tout fonctionne pour une installation basique sans mot de passe pour l'administrateur de MySQL. Toutefois, un paramétrage est TOUJOURS recommandé.
Pour cela, reportez-vous à la documentation du projet par aide F1 dans un dossier patient ou sur ([[http://wiki.medintux.org]]).

Le gestionnaire de dossier médical est conçu pour gagner du temps. Le principe est d'utiliser des masques totalement paramétrables (ce sont des fichiers HTML, TXT) agrémentés de listes multiniveaux (ou champs d'insertions). Un langage de script permet d'intégrer dans les masques ou les éléments de liste des données ou actions récursives (extraction de données de la base -poids, taille...-, calcul -BMI, surface corporelle, posologie chimiothérapie...-, importation de fichiers -apicrypt, protocoles...-, importation de scan, OCR).

Les listes sont repérables dans le texte par leur couleur. Elles apparaissent en bleu. Ces listes vous permettent de construire et de renseigner des formulaires impressionnants de détails en un temps record. Cela permet aussi d'uniformiser les observations/prescriptions, tout en gardant une certaine liberté par une saisie clavier.

Chacune des sous-parties du dossier médical est accessible par trois méthodes :
  * Un glossaire qui insérera automatiquement un masque dans la rubrique adéquate
  * Un menu d'accès rapide qui présente une synthèse du dossier patient
  * Un accès tabulaire et par onglet

Les masques et listes constituent le " Glossaire ". Ce glossaire n'est autre qu'un répertoire présent sur votre disque qui contient (dans une structure fixée et lisible) vos masques et listes. Cette approche vous permet de façonner votre glossaire via MedinTux qui possède ses propres applicatifs de création de listes et de masques, ou via n'importe quel autre logiciel capable de gérer le HTML, le TXT ou le RTF. Les limitations viennent des possibilités d'interprétation du code HTML. Les tables sont affichées mais ne peuvent pas être modifiés par exemple.

Les glossaire sont échangeables entre utilisateurs !!! Un simple copier/coller du répertoire //Glossaire// suffit ! Une clé USB et hop...

Le terrain comprend les antécédents, le traitement au long cours et les variables patients. La structure des variables est entièrement configurable.

Le module d'impression est sophistiqué. Il gère les en-têtes et pieds de page des utilisateurs. Ceux-ci sont totalement paramétrables et peuvent être différents selon la rubrique imprimée (observation, prescription, certificat, documents...). Le module permet aussi d'imprimer l'ordonnance et le double sur une seule feuille A4.

La gestion multiposte / multiutilisateur est totalement implantée. La gestion des conflits d'écriture est totalement transparente.

Plusieurs dossiers peuvent rester ouverts en même temps, ce qui permet de compléter ultérieurement le dossier.

Des plugins externes peuvent être interfacés à DrTux ce qui laisse la place à l'imagination des développeurs (tous langages permis).

**Un logiciel permet de communiquer à distance par navigateur avec la base de donnée, il s'agit de medinPHP.**
===== MedinPHP =====
**MedinPHP est un logiciel conçu pour utiliser à distance les données de 
MedinTux.**

Il est 100% compatible avec les données et **nécessite une installation 
préalable de MedinTux sur un serveur.**

Il ne prétend pas en reprendre toutes les fonctions (pas de gestion des 
utilisateurs, pas de gestion de documents et ordonnances, pas de gestion des 
codes postaux, etc.)

Il fait uniquement de l'agenda, de la gestion de dossier médical et de 
consultations, la saisie des recettes de comptabilité, la gestion des 
correspondants, la consultation du vidal et de la CCAM et les sauvegardes.

Il propose quelques requêtes supplémentaires par rapport à MedinTux (recherche 
par numéro de téléphone, recherche des patients liés à un correspondant, 
affichage du dossier complet, recherche de clés dans les dossiers, etc.)

Il ne dépend que du support HTML de base, et permet d'utiliser n'importe quel 
navigateur, pourvu qu'il soit relié à un serveur apache/mysql/php.

Les quelques fonctionnalités avancées en javascript sont facultatives.
**
Il peut s'utiliser sur un téléphone portable pourvu de fonctions internet, sur 
un ordinateur de poche (Nokia 810, etc.), ou tout ordinateur 
Linux/Mac/Windows pourvu d'un navigateur internet.**

Sur les ordinateurs à petit écran (eeePC), il est plus pratique que MedinTux, 
non encore optimisé pour les petits écrans.

Les principales utilisations du logiciel sont :

- le médecin en visite (avec utilisation d'une solution autonome WiFI ou 3G, ou 
de l'ordinateur du patient),

- l'accès aux dossiers depuis un endroit inhabituel (domicile personnel, 
vacances),

- la sauvegarde à distance,

- les fonctions absentes de MedinTux.

Installer apache2 : [[http://doc.ubuntu-fr.org/apache2]]

Puis :

<code>wget http://adullact.net/frs/download.php/4635/MedinWeb.2.5.3.tar</code>

Désarchiver le répertoire dans var/www

<code>sudo cp MedinWeb.2.5.3.tar /var/www</code>

<code>sudo tar -xf MedinWeb.2.5.3.tar</code>

<code>sudo chown -R www-data MedinWeb</code>

Et pour le lancer : à partir des siteWeb du glossaire, 
ou en navigateur :
<code>http://localhost/MedinWeb/</code>
login votre user MedinTux (admin par exemple)
mot de passe celui que vous avez mis à votre utilisateur dans MedinTux.
===== La comptabilité =====

Un nouveau programme de comptabilité est récemment disponible.
Il est assez complet . Le svn propose les derniers binaires et les dernières sources :
[[http://code.google.com/p/rapidcomptamed/]]

téléchargement des binaires et des sources aussi à

https://adullact.net/frs/?group_id=227

Veuillez  faire la sauvegarde de votre ancienne comptabilité :

<code>mysqldump -u root -p comptabilite > dump_comptabilite.sql</code>
Le retour étant :

<code>mysql -u root -p comptabilite < dump_comptabilite.sql</code>

Le répertoire rapidcomptamed.tar.gz doit être décompressé dans MedinTux/Programmes à côté de celui de drtux.
L' installation du programme se fait alors à partir d'un setup dans l'éxécutable "comptatriee".
Lisez aussi la rubrique "help" qui explique le focntionnement du programme.

**Un bouton permet d'envoyer un rapport de bug ou tout autre suggestion à l'auteur.**

Donc téléchargez le logiciel :

<code>wget http://rapidcomptamed.googlecode.com/files/rapidcomptamed_lin_015.tar.gz</code>

Allez dans le répertoire de MedinTux :

<code>cd chemin/Medintux*/Programmes</code>

Décompressez le logiciel :

<code>tar zxvf rapidcomptamed_lin_002.tar.gz</code>

La première installation se fait en lançant le logiciel **comptatriee**. Puis le **setup** dans le menu.
===== Pensebetux =====

Un nouveau programme pour medintux sur le site addulact
[[https://adullact.net/frs/?group_id=227]]

La dernière version plus complète est

<code>wget https://adullact.net/frs/download.php/4652/pensebetuxLin.7z</code>

Pensebetux est une petite suite de programme pour gérer ses alertes (type se souvenir à date voulue d'un contrôle de mammographie, et autres examens).
Lire le readme :<del> intaller la table mysql avec le programme création_table_alarmes qui ne servira donc qu'une fois.</del>
L'installation ou la correction de la base de données mysql se fait dans celle de DrTux par un setup fourni. Ce setup installe les menus dans DrTux.
Ensuite on enregistre ses alertes avec Alarmes, on les lit avec lecture_table_alarmes à la date programmée.
On peut aussi les lire toutes et les modifier ou les effacer.
Quand la table est lue , l'alerte se met en obsevation dans medintux une fois cliqué dessus, mais une seule fois.
<del>Il est intéressant de lancer quotidiennement ce programme de lecture des alertes avec cron
http://doc.ubuntu-fr.org/cron
voire au démarrage en étudiant un peu le man update-rc.d en terminal.</del>
On peut programmer le lancement à l'ouverture de MedinTux du programme de lecture des Alertes par un bouton de paramétrage.

Lisez bien le readme pour la sauvegarde préalable de vos bases (de toutes façons à faire tous les jours). Il y a DrTuxtest mais aussi les autres bases.

Pour sauvegarder la base DrTuxTest il faut faire en terminal 
<code>mysqldump -u root -p DrTuxTest > dump_drtuxtest.sql</code>

Pour la table Alarmes c'est 
<code>mysqldump -u root -p DrTuxTest Alarmes > dump_alarmes.sql</code>

La sauvegarde se trouve là dans votre home. Vous pouvez indiquer bien sûr un autre chemin.

Pour réintégrer la base vous faites

<code>mysql -u root -p DrTuxTest < dump_drtuxtest.sql</code>

Idem pour la table Alarmes.

Pour MedinTux V14, la version de pensebetux est 
<note tip>**pensebetuxV14.1.tar.gz**</note>

sur

[[http://code.google.com/p/pensebetux/downloads/list]]

===== Apicryptux =====

Un programme d'intégration des fichiers Apicrypt existe :

<code>wget https://adullact.net/frs/download.php/5277/apitux.tar.gz</code>

L'installation se fait comme pour Pensebetux.

Ce programme permet d'intégrer des fichiers texte **resutextxxx.txt** obtenus à partir du logiciel Apimail d'Apicrypt.

Il faut paramétrer la redirection de ces fichiers dans le dossier apitemp du logiciel Apitux (dans bin).

Le logiciel permet en outre d'intégrer des fichiers textes dans les dossiers patients s'ils sont renommés en **nom_prenom_origine.txt** . Ces fichiers seront eux placés dans le dossier classeur du logiciel Apitux, dans bin.

===== Récompenses =====

Depuis 2004, MedinTux est en perpétuel développement avec une communauté toujours grandissante.

Déjà utilisée par plusieurs centaines de médecins spécialistes ou généralistes, en libéral ainsi qu'en services hospitaliers (urgences et spécialités), MedinTux a remporté un vif succès auprès de ses utilisateurs.

* MedinTux a remporté les trophées du libre catégorie gestion d'entreprise en 2005.
  * Medintux a été Nominé aux Lutèce d'Or 2007.

===== Voir aussi =====

**Les sites officiels de MedinTux :**
  * MedinTux en français : [[http://medintux.org]]
  *  MedinTux en Anglais : [[http://medintux.org/en]]
  * Le wiki du projet : [[http://wiki.medintux.org]]
  * La forge : [[http://adullact.net/projects/medintux/]]
  * [[http://www.medintux-evolution.com/]]

**Les forums :**
  * Le nouveau forum http://medintux.org/forum
  * L'ancien forum (Addulact) http://adullact.net/forum/?group_id=227
  * Une page sur ce site : http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=259412

**MedinPHP de Gérard Delafond :**
  * [[http://adullact.net/frs/?group_id=227]]

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//Contributeurs : [[:utilisateurs:pmdzlineur]].//,Gérard DELAFOND, Roland SEVIN, [[utilisateurs:arkanoid]].

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Résumé

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