Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- python [Le 14/03/2023, 17:27]
bcag2 [Voir aussi] Codon COMPILER du Python !
+++ python [Le 17/10/2024, 12:09] (Version actuelle)
bcag2 [Anaconda] licences payantes pour certains usages
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 Terminal
 ===== Installation =====
- ==== Python 2 ====
-Python 2 est installé par défaut, il suffit de taper ''python'' dans un terminal pour accéder à l'interpréteur. \\ Pour Bionic 18.04, c'est la version 2.7 qui est installée.
-<note warning> Python 2.7 est en fin de vie depuis le 1er janvier 2020. Il est recommandé de passer à Python 3 car Python 2 n'est plus supporté. Une future version du PIP abandonnera la prise en charge de Python 2.7. Plus de détails sur le support de Python 2 dans PIP : https://PIP.PYPA.IO/fr/Latest/Development/release-process/#python-2-support </note>
 ==== Python 3 et Ubuntu ====
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 Sous [[:focal]] c'est //Python 3.8//, accessible avec ''python'', python 2 n'étant plus installé par défaut !.
-=== Ubuntu 16.04 ===
+==== Python 2 ====
+Python 2 est installé par défaut jusqu'à [[:Bionic]] (version 2.7), il suffit de taper ''python'' dans un terminal pour accéder à l'interpréteur.
-La dernière version (3.6) n'est pas dans les dépots de la dernière LTS 16.04. \\ La version 3.6 comporte des différences significatives par rapport à la version précédente (entre autres avec les F String) et peut être nécessaire.
+<note warning> Python 2.7 est en fin de vie depuis le 1er janvier 2020. Il est recommandé de passer à Python 3 car Python 2 n'est plus supporté. Une future version du PIP abandonnera la prise en charge de Python 2.7. Plus de détails sur le support de Python 2 dans PIP : https://PIP.PYPA.IO/fr/Latest/Development/release-process/#python-2-support </note>
-Pour installer Python 3.6 avec Ubuntu 16.04, il faut ajouter un ppa :
-  * soit  ''jonathonf/python-3.6''
-  * soit ''deadsnakes/ppa''
-Puis on installe Python 3.6.
-Les commandes complètes avec, par exemple, //jonathon// ppa :
-<code bash>
-$ sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/python-3.6
-$ sudo apt update
-$ sudo apt install python3.6
-</code>
-Pour invoquer l'interpréteur, il faut taper ''python3'' ou ''python3.6'' !
 ==== Les modules ====
 Il faut souvent ajouter des modules (bibliothèques) à l'installation de base. Cela peut-être fait via les suites d'outils [[:python#anaconda]] ou [[:python#miniconda]] évoquées ci-dessous, mais si vous n'avez besoin que de quelques modules, il est possible de les ajouter avec le gestionnaire de paquets python [[wpfr>Pip_(gestionnaire_de_paquets)|PIP]], par exemple, pour installer le module PySerial (communication série)
 <code bash>pip install pyserial</code>
-<note important>pour python3, utiliser **pip3** si vous êtes sous [[bionic]] ou avant, car pip installerait alors des paquets pour python2</note>
+Pour lister les modules installés :
+<code bash>pip list</code> On peut ajouter l'option //--local// pour ne lister que ceux installés localement (dans //$USER/.local/bin//)\\
+Sans l'option ci-dessus, il y en a beaucoup, aussi un //pipe// avec grep peut être utile !<code bash>pip list | grep pyserial</code>
 ==== IDLE 3.6 ====
 Pour installer IDLE en version //Python 3.6// (si on a déjà installé Python en 3.6), il suffit d'installer ''idle-python3.6'' et on l'exécute en utilisant ce même nom.
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 ==== Anaconda ====
+<note warning>La société Anaconda a fait des changements de licences qui peuvent entraîner la nécessité de payer pour accéder à certaines librairies.\\
+Il existe plusieurs alternatives, notamment :\\
+  * Micromamba : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/user_guide/micromamba.html
+  * Pixi : https://pixi.sh/latest/
+Pixi semble être la solution la plus ergonomique pour gérer des environnements conda sans Anaconda ni Miniconda. Pixi présente pas mal d'avantages (https://prefix.dev/blog/pixi_a_fast_conda_alternative) et est très orienté science (https://prefix.dev/blog/pixi_for_scientists)
+Enfin, il faut surtout désactiver le canal "defaults" des environnements conda en mettant "nodefaults" à la place (par exemple : https://github.com/pierrepo/env-logiciels-bioinfo/blob/main/cours/rnaseq.yml). En effet, conda va toujours utiliser ce canal "defaults" qui appartient à Anaconda.</note>
 Anaconda est une suite d'outils (plus de 200 paquets et plus de 500Mo) allant de l'éditeur [[:spyder|Spyder]] au framework [[:qt|Qt]] et [[:pyqt|PyQt]], en passant par [[https://jupyter.org/|jupyter]] pour les notebook, et de nombreuses librairies de programmation, //pip// et //pep8//…\\
 Pour l'installer, reportez-vous à la page dédiée sur le site officiel:\\
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-//Date de création : 25 juin 2010.[[:utilisateurs:draco31.fr|draco31.fr]];
+//Contributeurs : [[:utilisateurs:draco31.fr|draco31.fr]]; Traduction des acronymes, correction grammaticale [[:utilisateurs:eagle08|René Stoecklin]]; [[:utilisateurs:bcag2]]//
-Traduction des acronymes, correction grammaticale [[:utilisateurs:eagle08|René Stoecklin]];//